เพื่อวิจัยและพัฒนานวัตกรรมองค์ความรู้ด้านการเกษตรตามโมเดล BCG เกษตรกรรมยั่งยืนที่ครอบคลุมกิจกรรมด้านต่างๆ และประมงน้ำจืด พัฒนาคุณภาพผลผลิตทางการเกษตรและการแปรรูปรวมทั้งผลิตภัณฑ์จากความหลากหลายทางชีวภาพและชาติพันธุ์ ส่งเสริมการท่องเที่ยวเชิงนิเวศและเชิงสุขภาพ วิถีชุมชน วัฒนธรรม และดาราศาสตร์ รวมทั้งถ่ายทอดเทคโนโลยี ฝึกอบรมและเผยแพร่นวัตกรรมองค์ความรู้สู่สังคมในทุกระดับ อีกทั้งบูรณาการหลักสูตร สร้างรายได้ระหว่างเรียน ส่งเสริมให้เกิดการศึกษาต่อ และขยายฐานหลักสูตรให้ตรงกับความความต้องการในพื้นที่

1. ฝ่ายวิศวกรรมเกษตรอัจฉริยะ เกษตรยั่งยืนและการประมง  ทำหน้าที่วิจัยและพัฒนานวัตกรรมองค์ความรู้ด้านการเกษตรตามโมเดล BCG ด้านเกษตรกรรมยั่งยืนที่ครอบคลุมกิจกรรมด้านต่างๆ อาทิ กระบวนการผลิต การเก็บรักษาผลผลิต การขายผลผลิต/การตลาดยุคใหม่ การแปรรูปผลผลิต เป็นต้น และด้านการประมง น้ำจืด

2. ฝ่ายวิจัยความหลายหลากทางชีวภาพ กายภาพและชาติพันธุ์  ทำหน้าที่วิจัยและพัฒนาคุณภาพผลผลิตทางการเกษตรและการแปรรูปผลิตภัณฑ์จากความหลากหลายทางชีวภาพและชาติพันธุ์

3. ฝ่ายส่งเสริมการท่องเที่ยวเชิงนิเวศ และดาราศาสตร์  ทำหน้าที่ส่งเสริมการท่องเที่ยวเชิงนิเวศและเชิงสุขภาพ วิถีชุมชน วัฒนธรรม และ ดาราศาสตร์

4. ฝ่ายนาโนเทคโนโลยีเพื่อการเกษตร  ทำหน้าที่วิจัยและพัฒนานาโนเทคโนโลยีเพื่อการเกษตร

5. งานบริการวิชาการ  ทำหน้าที่ถ่ายทอดเทคโนโลยี ฝึกอบรมและเผยแพร่นวัตกรรมองค์ความรู้สู่สังคมในทุกระดับและทำหน้าที่บูรณาการหลักสูตร หลักสูตรระยะสั้น รวมทั้งการสร้างเครือข่ายความร่วมมือกับชุมชน

6. งานบริหารและการจัดการ  ทำหน้าที่จัดทำเอกสารทางการเงิน การบัญชี การเบิก-จ่ายงบประมาณจัดทำแผนการดำเนินงานของหน่วยงานต่างๆ ในสถาบัน งานสารบรรณ งานเอกสารติดต่อกับหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้องจัดทำแผนงบประมาณประจำปี และจัดทำรายงานประจำปี ผลการดำเนินงานของสถาบันและรายอื่นๆ ตามที่สถาบันกำหนด